Para manter o controle da qualidade da água que a população consome, todos os sistemas nos municípios e distritos que a Sanesul opera são monitorados pela Gerência de Controle Sanitário da Empresa (Gecsa). O Laboratório Central, localizado em Campo Grande, analisa as amostras de água nos parâmetros mais complexos como agrotóxicos, metais, substâncias orgânicas e cianobactérias, seguindo padrões exigidos pela Portaria n.2.914/11 do Ministério da Saúde, e os dez Laboratórios Regionais analisam amostras de média complexidade, seguindo também a mesma legislação.
 
Ao longo de 2015, o Laboratório Central realizou aproximadamente 44 mil parâmetros de análises de água e 19 mil de análises de esgoto, um aumento que pode chegar a 480% em relação aos anos anteriores. E, para atender a crescente demanda e modernizar ainda mais os processos de análises, a Sanesul promoveu uma grande reforma e compra de novos equipamentos para o Laboratório Central.
 
Além disso, foram investidos cerca de R$ 1,6 milhão na aquisições de materiais e novos equipamentos, bem como serviços.

Na última semana, foram entregues seis novas estufas de esterilização para suprir o aumento da demanda do Laboratório Central e dos Laboratórios Regionais.
 
Também foram executadas obras para aumento da área e adequações dos espaços e estruturas elétricas e hidráulicas do Laboratório, permitindo a setorização das atividades laboratoriais que envolvem os procedimentos de água e esgotos, bem como sua logística e administração, a fim de atender as novas exigências contidas nas  normas técnicas que regem  os laboratórios brasileiros. Ao todo, a Sanesul investiu R$ 778.907,01 na reforma do prédio que abriga o Laboratório Central, que hoje tem área de 598 metros quadrados.
 
O Laboratório Central da Sanesul é composto por seis áreas: Cromatografia, Físico-Químico Água e Reagente, Físico-Químico Esgoto, Bacteriologia Água e Esgoto, Hidrobiologia e Administrativo.